La découverte, à la fin du XIX » siècle, d’une hache de pierre verte atteste d’un passage humain à l’époque préhistorique, sans autoriser plus de conclusions. On a repéré quelques vestiges gallo-romains: monnaies, restes de bâtiments sur les sites du Châtelard et de La Tour, deux inscriptions trouvées au XVIII » siècle.

Il y eut à Châtillon une seigneurie importante dès le début de la féodalité. Ses membres restèrent indépendants pendant plusieurs siècles, commandant à tous les villages de la Michaille, jusqu’au moment où, serrés entre les comtes de Savoie et ceux de Genevois, ils ne purent leur résister et il devinrent vassaux.

Leurs possessions se démembrèrent et l’on vit se former les fiefs particuliers de Billiat, Génissiat et Arlod, alors qu’ils furent obligés pour apanager leurs puînés, de former les petites seigneuries de Mussel, Musinens et Chapelle (commune de Surjoux). L’un des premiers seigneurs de Châtillon fut Jean qui vivait en 1170. Il eut un fils Turembert. En 1330, une transaction fut signée entre le Dauphin du Viennois, qui réclamait le fief de Chastillon comme appartenant à son allié, le sire de Thoire, et le comte de Savoie, qui s’était emparé de cette seigneurie, qui resta au Viennois et à Thoire.

En 1349, pour apanager Jean son deuxième fils, Pierre Il de Châtillon lui donne le fief de Mussel.

En 1420, François de Châtillon donne le fief de Chapelle à Claude son troisième fils. Puis en 1450, Richard de Châtillon donna le fief de Musinens à Jean son deuxième fils. Ce fief devait passer plus tard, à la suite d’un mariage dans une autre famille.

On suppose que le château de  Châtillon fut détruit vers 1480, au cours de la guerre qui se déroula entre le Duc de Savoie et le Dauphin du Viennois. Il ne reste à ce jour aucun vestige de ce château.

Le passage de bandes guerrières laisse des traces cruelles et ,en 1578, Hélène de Bouvens , la dernière héritière de la seigneurerie apporta en dot un misérable village ruiné de 200 âmes et  un château détruit à Jean Aymé de Bouvens commandant la place forte de Bourg.

Dès lors Les seigneurs de Châtillon résideront au château de Musinens qui a échappé à la destruction.

Après 1600, date du rattachement des pays de l’Ain à la France, on note une prédominance des familles bourgeoises dans les affaires locales avec des avocats notaires et apothicaires. Le commerce se développa et  1669 vit l’ouverture d’un relais de la poste aux chevaux.

Il ne faudrait pas croire que le rattachement à la France fut idyllique. Un état de guerre se maintint longtemps à Châtillon situé alors et jusqu’en 1860, à proximité de la nouvelle frontière franco savoyarde. Tout le XVII fut funeste, apportant son cortège d’impôts d’épidémies et de famines.

Le calme revint après l’empire. En 1807, une nouvelle église fut construite à la Crétaz. Elle fut détruite par un important incendie en 1870 (qui brûla plusieurs dizaines de maisons) et remplacée par la construction de l’église actuelle.

Le commerce resta important et  fut même stimulé par la construction de l’axe Lyon Genève, mais il commença à décliner en 1858 dès que la gare de Bellegarde fut construite. Le déclin continue , les services administratifs et les emplois se déplacent sur Bellegarde,  et le 7 août 1913, Bellegarde devient chef lieu de canton.

Châtillon paya un lourd tribut aux guerres des deux derniers siècles: campagnes de Napoléon jusqu’en Russie, conquête de l’Algérie, interventions de Napoléon III en Italie, en Crimée et au Mexique, puis guerre de 1870. Le monument aux morts en rappelle le souvenir. La Grande Guerre fit une cinquantaine de morts. La seconde guerre mondiale laissa de profondes marques, depuis le passage des troupes allemandes en juÎn 1940jus- qu’aux combats du Maquis, dont celui du II juillet 1944, près du tunnel de La Crotte, suivi de la prise en otages de trois cents habitants.

Au plus bas de sa population en 1946, Châtillon la tripla en 1973 en s’associant à Vouvray et Ochiaz sur le territoire desquels s’étendaient les activités de Bellegarde, tout en créant des lotissements résidentiels. La fusion des trois communes a été entérinée en 1985. La population est passée de 1765 habitants en 1975 à 2189 en 1990 et 2700 en 2003.

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